うんうん悩んでいて、解決したらなーんだって事なのですが、もしかすると同じく悩んでる人がいるかもしれないので、メモ的に。

ある日、どうしても整列できないレイヤーが一つだけあり、何故かと悩んでいたら、そのレイヤーのマスクのリンク部分が外れていただけでした…。

整列メニューは、CS4では上部メニューバー内にあります。
移動ツール（V）を選択しつつ、レイヤーを複数選択している（もしくはレイヤーをリンクしている）とハイライトになり、実行出来ます。

３つのオブジェクトのレイヤーを選択し、左端揃えを実行してみると…

マスクのリンクが外れていた緑が、整列対象から除外されてしまったのが原因です。
原因はたったこれだけ。わかってしまえば簡単なのですが。。。

レイヤーマスクでも同様に、リンクが外れていると整列かけてもビクともしませんでした。
整列しない理由は他にも様々ありますが、まずは最初にチェックしてみる事にしています。