複数レイヤーを同時選択出来るようになったphotoshopから利用できる方法です。

レイヤーウィンドウ内でバラバラになったレイヤーを集める時に利用している方法をご紹介します。
複数のレイヤーを選択した状態で、選択しているどれか一つのレイヤーの順序を変更すると、選択しているレイヤーが一カ所にぎゅっと集まります。
具体的には下記の通り。

この画像の、四角レイヤーを１つのレイヤー周辺に集めてみたいと思います。

【手順】
１）まずは、移動ツール（ショートカットは「V」）にし、⌘（コマンド）を押しながら、集めたいレイヤーを順番にクリックしていきます。

２）全て選択した状態で、「ここにまとめたい」と思ったレイヤー（今回は緑の四角レイヤー）をドラッグで移動させる様な動きをします。
緑の四角レイヤーを、その上の★レイヤーとの境目くらいまで、少し上に持ち上げる様にドラッグし、境界あたりで離します。
※レイヤーを動かす様なアクションが目的ですので、移動するのは、上でも下でもかまいません。
※境界へドラッグ&ドロップが難しい場合は、実際に緑四角レイヤーを移動させてもかまいません。

３）緑の四角レイヤーを基準として、上下にそれぞれ選択したレイヤーが集まりました。

一番下オレンジの四角を基準として集めた場合／一番上の赤の角丸四角を基準として集めた場合

グループフォルダでも同様に出来ます。

ふと気づくとレイヤーやグループフォルダが思っていたところと別の場所にいたりするので、
この方法でよくレイヤーを集めてちょこちょこ整理しています。